O Herbário HUESC, criado em 1995, é um dos mais novos do Estado da Bahia e sua coleção conta com cerca de 20 mil exsicatas. Basicamente o acervo é representativo dos ecossistemas do estado e mantém intercâmbio de duplicatas com todos os acervos do estado e de outras regiões do Brasil. A coleção está climatizada e equipada com microscópios estereoscópicos, bancadas, armários de aço com escaninhos apropriados, armário com o acervo bibliográfico específico em botânica, estufa elétrica, podão articulável, equipamento para escalada em árvores de grande porte, computadores com impressoras e modelos anatômicos de estruturas florais para as aulas. Atualmente o está está formalmente vinculado ao INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. No início de 2009, recebeu o reconhecimento internacional ao ser incluído no Index Herbariorum  e em 2013 foi credenciado pelo Conselho de Gestão do Patrimônio Genético (CGEN) do Ministério do Meio Ambiente como fiel depositário, através do processo nº 02000.001733/2013-10, na Secretaria Executiva do CGEN. Desse modo o HUESC está autorizado a atender a legislação que determina a empresas e institutos de pesquisa o depósito de exemplares-testemunha de organismos que estejam investigando com a finalidade de obter algum aproveitamento comercial ou científico de plantas. (Luiz Alberto Mattos Silva, Curador, 2015).