O Herbário CEPEC foi criado em 1964, com o objetivo principal de inventariar a flora da região cacaueira da Bahia e norte do Espirito Santo, região de ativiadade da CEPLAC. Com o passar dos anos e as colaborações com outras instituições, principalmente estrangeiras como o Real Jardim Botanico de Kew, Inglaterra e o Jardim Botanico de Nova York. Atualmente esta coleção está com cerca de 150.000 amostras de herbário e é constantemente citada em trabalhos taxonômicos e monografias botânicas feitas no mundo todo. O herbário de TIPOS do CEPEC tem cerca de 3.000 Tipos de plantas da Bahia, incluindo algumas doações e permutas de plantas de outras localidades.

Entre as coleções existentes, existe a xiloteca, a carpoteca e uma coleção de material fixado de flores e frutos diversos. A coleção de TIPOS também fica armazenada em destaque, separada da coleção de herbário geral.